深圳市宝安区福永人民医院中医肛肠科经过20余年的发展，在传统中医肛肠的学术的继承和创新中，积累经验和认识，逐步形成了中医肛肠科的学术思想。
注重以人为本、立德行仁
医乃仁术，以德为先。唐代孙思邈在《大医精诚》中说：“若有疾厄来求救者，不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想；亦不得瞻前顾后，自虑吉凶，护惜身命，见彼苦恼，若己有之……” 。福永人民医院中医肛肠科从建科以来注重以人为本、立德行仁。坚持想病患之所想，痛病患之所痛。尊重生命，敬畏生命，以患者为中心，推己及人，不计名利。做到思想纯净、知我内省、目不旁视、立德行仁。不断提高肛肠学科医疗技术提高患者就医满意度。
重视辨病和辨证相结合
中医的“辨证论治”是把四诊（望诊、闻诊、问诊、切诊）所收集的资料、症状和体征，通过分析、综合，辨清疾病的病因、性质、部位，以及邪正之间的关系，概括、判断为某种性质的证。辨识邪正的盛衰，推测疾病的转归，从而确定治疗原则与具体治疗措施。“辨病论治”则是根据不同疾病的各自特征，作出相应的疾病诊断，并针对不同疾病，进行相应的或特异的治疗。一种具体的病往往具有特定的病因、病机和症状，因而显示其特异性。证候是疾病反映的现象，疾病是证候产生的根源，因此，“证”和“病”是一种因果关系，具有不可分割的有机联系。在临床工作中，中医肛肠科注重辨证与辨病相结合，相互启示使用，发挥各自优势，使肛肠疾病的诊断更加准确和治疗效果更为高效。
强调局部和全身同辨、内外同治的整体观
肛肠疾病病位虽在肛或肠，但其发病主要与人体阴阳平衡失调、脏腑功能下降，饮食不节，感受邪气，局部损伤及气候等因素密切相关。辨证需要结合肛肠局部的“便血、肿胀、疼痛、脱出、分泌物等”表现和全身的“阴阳、气血津液、脏腑”的表现。在肛肠疾病的诊治中始终重视整体观念，强调内治法与外治法互相配合，既注重整体调理，又注重局部的治疗。
坚持从湿、从瘀论治痔病
深圳地处沿海，属亚热带季风气候，气候温暖多湿，加上本地饮食、生活习惯，使得湿、瘀成为痔病的两大主要原因。在治疗痔病患者，中医肛肠科着重从湿、瘀两个致病因素入手，常用清热利湿、活血化瘀之品。在治疗血栓性外痔、嵌顿痔中，常用止痛如神汤配以血竭、黄柏等药。方中秦艽、防风祛风除湿；秦艽，祛风除湿，和血舒筋，清热利尿能止痛。桃仁、当归尾活血散瘀行滞，润燥滑肠通便，使滞者行，瘀者化，大肠气机通畅；湿源于脾，脾虚则湿生，故用苍术之苦温以健脾燥湿；泽泻甘寒泻热利湿，槟榔行气导滞通便；皂角刺、大黄清热通便，祛瘀通络。再配黄柏清热燥湿，泻火解毒；血竭活血化瘀定痛。共奏清热利湿，活血润燥通便的功效。
重视肛门功能保护的微创理念
肛门是人体独特而又重要的器官，对日常的排泄功能起着精细制约的作用，任何一个结构被破坏，都会引起其功能的减弱，甚至破坏肛周形态结构。微创理念不仅仅指在手术中“微创”，而是应该贯穿于治疗的整个过程，体现在治疗方法的选择、手术方式的选择、手术操作过程及术后的治疗中。术中在解决患者痛苦的前提下，注意手术中的操作细节，精确掌握肛门解剖结构，尽量减少和避免肛门不必要的损伤和功能下降。
重视防重于治的治未病思想
“治未病”理念是数千年来中医治疗原则的重要精华。这种“未雨绸缪”，防重于治的精神与现代预防医学观是相吻合的。中医肛肠科非常重视日常对肛肠疾病预防的宣教，强调作息规律，坚持体育锻炼，饮食合理科学，心态平和，以提升抗病能力；饮食清淡，避免久坐久站久蹲，防治便秘和腹泻，在防治痔病方面发挥重要作用；积极治疗肛门疾病，避免进一步演变成更严重的肛肠疾病，如肛隐窝炎发展为肛痈、痔疮加重转变发展为环状痔嵌顿痔、低位单纯性肛瘘发展成高位复杂性肛瘘等、肠息肉发展成恶性肿瘤等。肛周肌肉作为盆底肌肉重要的组成部分，在治疗上尤其注意其功能的保护与锻炼。
注重中医适宜技术、经验方的应用
中医肛肠科开展的中医适宜技术包括药物敷贴、中药熏洗坐浴、针灸、耳穴压豆、中药封包、消痔灵注射术、内痔套扎术、高位肛瘘/肛周脓肿挂线术等，临床工作中，中医肛肠科结合中医适宜技术的辩证应用，使手术创伤小、并发症少，患者痛苦少、恢复更快，在肛门术后应用能减轻疼痛，减少尿潴留的发生，缓解便秘和肛门坠胀等症状。
中医肛肠科善于应用历代中医肛肠医家在临床实践中积累总结出的经验方，善于传承中医肛肠科几代专家在长期临床工作中获得的许多宝贵的经验。
强调技术创新
诊疗技术是治病的核心，中医肛肠科汲取各流派之长，注重诊疗技术的不断改良、创新，从而更高质、精准地解决患者疾苦。