如果是轻症的宝宝来就诊，医生一般开具血常规或肠道病毒病原学检查。之前说过，引起手足口病的肠道病毒有20多种，绝大多数引起的症状较轻， 一周左右即可痊愈，不过若是由EV71型病毒或柯萨奇病毒引起的手足口病相对于其他来说比较容易出现重症。所以说，肠道病毒病原学检查主要针对这两种病毒，来评估宝宝是否可能发展为重症手足口病。
对于需要住院或留观的宝宝，说明属于（疑似）重症，所做的检查会更多些。
对于手足口病并没有什么特效药，那么为何手足口病的宝宝在门诊就医时医生还会给开药？这是因为宝宝出疱疹可能会很痛或很痒，发烧也会使宝宝非常难受，医生一般会开具一些中成药，对症解决问题，宝宝没有那么辛苦，精神愉快，对于对抗病毒、身体尽快康复都是有帮助的。
对于住院的重症手足口病宝宝，医生还会开具丙种球蛋白、激素等药物，甚至需要上呼吸机，费用则高很多。