1988年4月宝安县中医院开始筹建；
1990年1月宝安县中医院正式投入使用；
1993年1月由宝安县中医院更名为宝安区中医院；
2002年，宝安区中医院创建为二级甲等中医医院；
2013年，宝安区中医院创建为三级甲等中医医院；
2015年11月27日，500张病床的新住院大楼投入使用；
2015年12月20日，乘着宝安区大力发展中医药事业的东风，宝安区委区政府以深圳市宝安中医院为龙头组建了“深圳市宝安中医院（集团）”，深圳市宝安中医院正式更名为“深圳市宝安中医院（集团）”；
2016年12月22日，深圳市宝安中医院（集团）针灸康复医院正式开业；
2020年7月1日，深圳市首家中医医养融合医院、首家社区医院，宝安区燕罗社区医院正式开业。
2020年11月7日，深圳市宝安中医院（集团）针灸康复医院正式更名为针灸医院，该院是全省首家针灸专科医院。
2021年3月18日，深圳市宝安中医院（集团）创建为广州中医药大学第七临床医学院。
